菠萝蜜籽具有健体益寿、止渴除烦、补中益气之功效。菠萝蜜籽常用于溃疡、产后虚羸、乳汁不通、乳汁不足、慢性肠炎。一般人都可食用菠萝蜜籽。食用菠萝蜜籽可能引起过敏反应，如皮肤潮红、发疹、瘙痒、呕吐、腹痛、腹泻以及过敏性休克。一般认为和某些个体对所含波萝蛋白酶过敏有关。民间经验，食用前先以盐水浸泡，可免过敏。如发生过敏反应，主要采取对症疗法。