本病应注意与弓形虫病，旋毛虫病,相鉴别。从临床表现上来看，肉孢子虫病,与弓形虫病、旋毛虫病有很多相同的症状，如胃肠道症状,、肌肉疼痛,、精神症状等。但由于是由不同的病原体引发的，所以从病原学的角度可以做出鉴别，所以病原检查是鉴别三种疾病的有效方法。